付晨说，流行病学调查是传染病防控当中非常重要的一项工作。为了及时、科学、高效、有序开展流行病学调查处置工作，作为上海市公共卫生工作的核心技术机构，疾控中心统筹调度市区两级疾控中心专业技术人员，组建流行病学调查的3支梯队共计550人，分别编入接报与流调小组、流调质控小组、密切接触者管理小组。
付晨介绍，流行病学调查有点像公安的破案工作，通过各种线索的调查排摸，以尽快采取医学观察隔离等措施，阻断疾病的传播。调查需要摸清的情况包括：每例病例的基本信息、家庭情况、发病和就诊情况、基础疾病情况、发病前14天的居住史和旅行史、可疑病例接触、野生动物接触和环境暴露情况、活动情况、人员接触、饮食饮水情况等，为判定病例的感染来源和密切接触者提供依据。
付晨举例说，1月26日和1月29日，上海市黄浦区和宝山区分别发生了聚集性疫情，黄浦区的疫情共有2个病例，宝山区的疫情有3个病例。这5个病例都没有湖北的旅行史，没有可疑病例的接触史，没有食用野生动物的暴露史，感染来源不明确。
在宝山的疫情发生之后，黄浦的2例病例在1月29日告诉流调团队，1月20日曾和几个朋友聚过餐，其中聚餐的朋友恰好就是当天在宝山确诊的病例。疾控中心紧紧抓住这条线索，把黄浦的疫情和宝山的疫情进行关联，果然发现黄浦的2例病例当中的1例和宝山3个病例当中的1例在20号有过接触。“但我们还没有搞明白感染源来自哪里。”
进一步排摸发现，宝山的3例病例在1月上旬曾经去过安徽的蚌埠。沿着这条线索继续排查，发现他们在蚌埠参加了亲友的婚礼以及其他活动，一一排查之后，锁定了宝山3例当中有2例在蚌埠逗留期间曾经多次到某健身房进行健身活动，作为高度怀疑线索。
后来，安徽蚌埠有关方面宣布，当地已经确诊了有5例病例和这个健身房有关联，并发出通告排查在那个时间段到过健身房的所有人员。
“这个例子能够非常充分地说明，流行病学调查需要一个非常缜密的排摸，来确保流行病学调查的前14天时间里衔接没有空白、密切接触者的排查没有遗漏。”
